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在BCG,OPV,MMR和其他疫苗中SARS-COV-2蛋白和抗原蛋白的硅比较研究:可能推定保护效果的证据

摘要

背景

2019冠状病毒病(COVID-19)是一种可能导致人类严重肺炎的病毒性大流行疾病。在本文中,我们调查了包括卡介苗、口服脊髓灰质炎疫苗和MMR疫苗在内的12种疫苗对COVID-19的预防作用。将所研究疫苗与SARS-CoV-2蛋白的主要抗原蛋白序列进行比较,确定相似的模式。然后,使用结构和抗原性预测工具的组合来评估识别片段的免疫原性效果。

结果

在调查的疫苗中鉴定了总共14个高度相似的细分。结构和抗原性预测分析表明,在鉴定的图案中,在乙型肝炎,破伤风和麻疹蛋白中的三个区段呈现抗原性质,可以对Covid-19引起推定的保护作用。

结论

我们的研究结果表明HBV,破伤风和麻疹疫苗对Covid-19可能的保护作用,这可以解释区域中疾病严重程度的变化。

同行评审报告

背景

自2019年12月以来,一种名为SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2)的新型冠状病毒在全球蔓延。世界卫生组织(世卫组织)于2020年3月宣布,这种新型病原体是导致2019年冠状病毒病(COVID-19)的罪魁祸首,导致全球大流行[1].到目前为止,SARS-COV-2负责超过9100万确诊案件和超过一百万个死亡(从2019年12月8日至1月15日)[2].

SARS-CoV-2是一种包膜阳性单链RNA病毒。它属于……家族Coronaviridae,O的亚族rthocoronavirinae和Betacoronavirus属[3.]. 病毒基因组由大约29903个核苷酸组成;它包含两个非翻译区(5′和3′)和11个开放阅读框(ORF),编码12种蛋白质,包括被鉴定为主要抗原蛋白的Spike(S)和核衣壳蛋白(N)[45].

COVID-19患者和死亡病例的数量因地区而异[6].在许多国家,报告了一项重要的确认案件,例如在美国(美国),巴西,印度和俄罗斯导致[6789].例如,在美国,超过八百万人确认的病例和二十千人死亡,直到18岁TH.10月20日[69]. 然而,在马达加斯加、塞拉利昂、尼加拉瓜和乌拉圭等其他地区,病例数量似乎有限[610.11.而死亡人数不超过300人[6].国家间死亡和感染人数的差异可以用不同的因素来解释,例如卫生基础设施、缓解战略和文化行为[12.13.].人口的免疫学的背景,主要是由于这些国家使用的疫苗接种策略还建议[13.14.15.].实际上,先前证明了抑制疫苗,如OPV(口腔脊髓灰质炎病毒疫苗),MMR(麻疹,腮腺炎和风疹疫苗)和BCG(Bacillus Calmette-Guérin)疫苗可以改善对抗不同病原体的先天免疫应答[13.14.15.].此外,有人建议采用普遍和长期的BCG政策可能对Covid-19进行保护作用[13.].然而,迄今为止,没有全面的基本证据表明,定期疫苗接种与SARS-COV-2收购免疫关系之间的关系。在最近的流行病学研究中,基于大型患者队列,发现了BCG疫苗和Covid-19严重程度之间没有链接[16.];但是,在细化了流行病学研究之后,发现了一种很强的相关性[17.].还基于S蛋白的生物信息分析研究了MMR疫苗的保护潜力[18.].然而,随着S蛋白的晶体结构,在武汉-HU-1分离物(MN908947.3)没有相似性,有报道[18.].

在本文中,我们调查了三种减毒活疫苗(卡介苗、OPV和MMR)和九种灭活疫苗(破伤风疫苗、白喉棒状杆菌,百日咳杆菌,乙型肝炎,甲型肝炎,B型流感嗜血杆菌(Hib)和链球菌引起的肺炎疫苗(PCV10))。我们的目的是鉴定所有SARS-COV-2蛋白和上述疫苗的主要抗原蛋白中的类似氨基酸图案,并使用生物信息化工具的组合来预测其免疫原性。在硅鉴定的图案中可以是对其特异性病原体和SARS-COV-2和/或可以诱导细胞免疫的交叉反应性抗体的靶标。

结果

氨基酸序列比对及热点分析

研究疫苗的主要抗原蛋白与SARS-CoV-2蛋白之间的全球氨基酸同源性不超过63%。结构蛋白的差异在21 - 55%之间(S蛋白和M蛋白分别与风疹病毒的多蛋白E1/E2和HAV VP1蛋白的鉴定水平)。对于非结构蛋白,鉴定水平在21 - 63%之间(ORF1a和ORF3a蛋白分别与乙型肝炎病毒HBsAg-adr蛋白和破伤风毒素蛋白的鉴定率)1).

在SARS-CoV-2的结构蛋白和非结构蛋白中鉴定出与主要疫苗抗原蛋白相似的片段。大多数短于所有SARS-CoV-2蛋白的5个连续氨基酸(附加文件2).然而,与脊髓灰质炎病毒、麻疹病毒、链球菌引起的肺炎、破伤风、流行性腮腺炎、乙型肝炎、乙型流感嗜血杆菌和卡介苗(见附表)1).通过比较脊髓灰质病毒,麻疹,PCV10和HIB蛋白和SARS-COV-2结构蛋白(SARS-COV-2结构蛋白(SARS-COV-2)和非结构蛋白(ORF 1A,ORF 6和ORF 8)来鉴定两种类似的段。相比之下,破伤风,腮腺炎,乙型肝炎和BCG抗原蛋白没有多于一个与SARS-COV-2蛋白相似的片段(表1).在所述肽中,七种类似于SARS-COV-2的蛋白质中的七种,并在脊髓灰质炎毒素3的抗原蛋白中鉴定,年代肺炎、破伤风、腮腺炎、乙型肝炎和乙型流感嗜血杆菌疫苗。图案的长度在6到7个氨基酸之间。此外,在脊髓灰质炎病毒VP1序列中检测到8个氨基酸的一个肽(GTSPARMA),与SARS-CoV-2的N蛋白相匹配。

表1疫苗抗原蛋白和SARS-CoV-2蛋白中5种以上氨基酸的相似模式描述

在破伤风毒素和麻疹血凝素病毒蛋白中分别鉴定出两种10个氨基酸的不连续模式DISGFNSSVI和MSLSLLDLYL,它们与SARS-CoV-2 S和ORF7b蛋白的匹配片段DISGINASVV (1168-1177aa)和ielslidyl (2-11aa)的相似性分别为90%和80%。

免疫原性预测

首先,我们专注于表征匹配序列的免疫原性与S和N蛋白的累积涉及调节宿主的免疫应答[19.20.].

关于与N蛋白序列(GTSParma)匹配的图案Gtaparis,它没有从SARS-COV-2的N蛋白的结构映射。此外,区分了与CMH-I预测表位的显着匹配。使用N蛋白质序列的B细胞表位的预测显示了51个氨基酸(165-216)的潜在抗原肽,其竖立了从我们的相似性搜索所识别的图案GTSParma。

在SARS-COV-2S蛋白中鉴定的七种模式中,分别从脊髓灰质炎,PCV10,破伤风和HBV疫苗中的四个区段(LDPLSE,NSVAYS,NILLLQY,PGTNTSN)已经映射到穗蛋白S1亚基的结构上(无花果。1A).我们也能够在六螺旋束融合核(S2亚基)的结构上映射出另一个模式,KNLNE,从外域的其余部分独立解决。另外两种模式(LGFIAGLI和DISTEI)没有被Cryo-EM结构的电子密度图所解决。在5个保留模式中,PGTNTSN和LGFIAGLI片段与IEDB分析资源NetMHCpan预测的一个MHC-I受体可能存在相互作用。此外,对这两个肽段的预测显示弱肽段评分分别为0.07和0.02(0表示没有MHC-I能力,1表示有很高的可能性)。乙型肝炎病毒不良反应株Hbs Ag中存在PGTNTSN片段,位于一个转折区。

图1
图1

匹配不同病原体抗原蛋白片段的S蛋白结构图谱。一个这些片段在结构上的位置用黄色斑块标出。不同的链条用不同的颜色表示。S1亚基和S2亚基已独立求解。B来自SARS-COV-2蛋白序列的B细胞表位预测。从相似性分析中识别的序列以蓝色标记为蓝色。其中氨基酸分数高于0.5的段是推定表位位点。C累积SASA测量每个假定的抗原位点使用不同的探针半径计算

另一方面,利用IEDB分析资源中的Bepipred 2.0对b细胞应答表位的预测结果表明,从这7个片段中可以推断出4种可能的模式,即LDPLSE、NSVAYS、DISTEI和PGTNTSN。这些片段与预测的表位LDPL、YTMSLGAENSVAYSNN、nldskvggnyylyrlfrksnlkpferdisteiyqagstpcngvegfncyfplqsygfqptn和TNTSN相匹配(图1)。1B). KNLNES序列不属于假定的B细胞表位区域。

我们还使用不同的探针半径计算了溶剂可及表面面积(SASA),以便更好地了解抗体互补决定区域(CDRs)与预测表位之间可能的相互作用(图)。1C)。我们的结果表明,暴露于水分子和抗体分析术仅适用于段“PGTNTSN”。因此,探针半径为1.4Å,5Å和10Å的SASA值为528.69Å2497.6,2和305.38Å2,分别。

其次,我们重点研究了属于所研究的疫苗序列并与SARS-CoV-2的任何其他蛋白质相匹配的序列。利用IEDB Bepipred和IEDB NetMHCpan方法对所有模式的抗原潜力进行了探索。所有被调查的模式都没有显示出显著的假定的b细胞抗体结合特性。具有十多个残基的不连续模式被从分析中丢弃,因为它们显示出低水平的相似性。因此,我们从破伤风毒素蛋白(DISGFNSSVI)和麻疹病毒A链血凝素蛋白(MSLSLLDLYL)中保留了两个片段,分别与SARS-CoV-2 Spike和ORF7b蛋白显著匹配。S蛋白的DISGINASVV片段(图。2a)显示出与由相应的HLA等位基因之一编码的MHC-I受体的推定相互作用。DisginalaVV和相应的匹配段Disgfnsvi分别显示出SARS-COV-2 S和破伤风毒素蛋白的高0.88和0.76的高肽评分。分段祛痰是穗蛋白的六螺旋束融合核的一部分。它属于HR2域作为随机线圈结构[21.].肽在其自然环境中显示了一个延伸的构象,由不同单体的两个HR1平行螺旋之间形成的小沟槽的残基稳定。DISGINASVV肽的SASA值为504.88 Å2.而破伤风毒素DISGFNSSVI的匹配序列SASA值为243.3 Å2(无花果。2B)和Bepipred工具仅显示了子串“DISGI”作为B细胞应答的一个表位的部分含义。

图2
图2.

CMH-I推定表位的结构特性,类似于破伤风毒素蛋白和麻疹血凝素蛋白的链A.一个DISGINASVV在刺突蛋白六螺旋束融合核结构上的定位。B用1.4 Å探针计算疫苗DISGFNSSVI和MSLSLLDLYL片段的SASA。C麻疹病毒血凝素的晶体结构[22.].多肽(黄色部分)显示了假定的t细胞免疫原性与口袋残基(浅紫色部分)的相互作用

关于ORF7b和麻疹血凝素蛋白,确定的类似片段与假定的T细胞抗原性区域显著重叠。麻疹血凝素蛋白的匹配片段(图。2C)与血凝素晶体结构中由6个残基的α螺旋(LLDLYL)所跨越的随机螺旋段(MSLS)相对应[22.].该片段还与一个大口袋相互作用,主要由包含许多芳香族氨基酸的四股beta板形成。这个口袋类似于MHC-I分子的凹槽(图。2C和附加文件3.).此外,MSLSLLDLYL对应于439.19 Å测量的SASA2(无花果。2b)。所述NetMHCpan工具预测的使用ORF7b的序列的MSLSLLDLYL段的抗原性得分为0.18。我们也注意到,麻疹血凝素蛋白的匹配段,即“IELSLIDFYL”由子“IELSLIDFY”为代表,显示所有的预测表位中的0.59的最高分的抗原性。

讨论

在本研究中,我们研究了常规使用疫苗对COVID-19的潜在保护作用。为了评估它们在SARS-CoV-2免疫应答中的可能意义,我们使用序列相似性分析、结构和抗原性预测工具对包括卡介苗、口服脊髓灰质炎疫苗和MMR疫苗在内的12种常用疫苗的主要抗原蛋白进行了评估。

在我们的研究中,我们发现了类似的模式,并发现大多数检测片段短于5个氨基酸;因此,它们不能构成假定的t细胞或b细胞表位[23.24.25.].

然而,发现并进一步研究了12种六至8次氨基酸的模式。我们认为PGTNTSN是由B细胞表位预测工具鉴定的四种模式中与内源性抗体结合的最多推定。少于5个氨基酸的段,例如LDPL,LDPLSE的底线,很少有助于诱导体液免疫反应[25.].NSVAYS和disstei片段较短,分别比用SARS-CoV-2刺突蛋白全序列预测的表位少10和56个氨基酸。在这种情况下,序列长度将是复制所研究疫苗的免疫学特性的一个限制因素。这也适用于GTSPARMA片段,它是N蛋白的51个氨基酸推定表位的子串。而SARS-CoV-2的PGTNTSN片段与预测的表位TNTSN仅短2个氨基酸,与HBs Ag-adr的两种模式及其匹配片段相匹配。

在B型肝炎病毒的HBsAg的检测到的图案PGTNTSN对应于暴露的部位在S蛋白和显示的可接近表面面积的最高值相比,在S1亚基识别的段。此外,PGTNTSN到探测球模仿的CDR的抗体的可接近支持其在B细胞介导的应答含义。因此,它的结构特性,用它的推定的中和能力是一致的。当然,抗体将能够识别的病毒的整个组装结构的有针对性的抗原表位,因此,表位必须在刺突蛋白的表面接近。在另一方面,在其最近尝试建立SARS-COV-2,张等人的抗原性地图。已经发现,一个段称为IDH跨越残基522-646诱导阳性的B细胞反应在恢复期COVID-19患者血清[20.].模式PGTNTSN包含在IDH表位中,我们能够使用IEDB Bepipref工具识别强预测度量。因此,该细分诱导的免疫反应将是体液反应。此外,我们的结果与Tajiri等人发表的工作一致。[26.据综述,含有匹配SARS-COV-2的PGTNTSN区段的表位的HBsAg(残留物104-123和108-123)的两个区域能够与两种人单克隆抗体结合。这突出了这些段的免疫原性能力。由于可能的效应功能激活,涉及SARS-COV-2感染的抗体依赖性增强(ADE)[27.].抗体曲目被认为是这种影响的主要罪魁祸首[28.].然而,它的幅度仍然是未知的,最近的证据表明在提高SARS-COV-2的感染性方面是非显着或不明确的贡献。例如,肺泡,支气管和鼻腔上皮细胞中触发效应功能的FCγ受体的表达似乎非常低(同上的).此外,很难区分抗体依赖的感染增强的贡献与其他因素造成的严重感染。最近,在一篇详细的综述中,Arvin等人指出目前的临床经验不足以说明疾病ADE或任何其他机制的免疫增强在COVID-19的严重性中所起的作用28.].

片段PGTNTSN位于远离RBD相互作用位点到ACE2的位置,间隔约75Å。然而,假定的抗原非常接近位于大约35Å距离处的融合肽SFIEDLLFNKV(PDB结构7BYR上的残基816–826)。此外,同一区域包括S21P2片段,该片段已被确定为靶向蛋白S的抗体的表位,能够中和SARS-CoV-2假病毒感染[28.].因此,可以对PGTNTSN预测表位具有相同的场景。此外,PGTNTSN段的位置与带有TMPRS2的推定相互作用表面重叠,TMPRSS2将影响S蛋白的引发所需的S1 / S2和S2位点的切割[29.30.].

另一方面,考虑到S蛋白的保守性一直面临着来自免疫系统的选择压力,多项研究表明S蛋白中存在高度保守的结构域,如与‘PGTNTSN’片段(600-606)相匹配的“SD2.1”(氨基酸589-605)[31.32.33.仍然,随机对照试验仍然可以提供对Covid-19的诱导保护作用的证据。在许多国家,HBV疫苗通常是建议的或强制保健和湿实验室工人。因此,研究HBV接种疫苗卫生工作者中的SARS-COV-2的患病率和Covid-19的临床表现是有趣的。

有趣的是,我们的分析显示,破伤风毒素蛋白和麻疹血凝素蛋白的A链中有10个氨基酸的两个片段,与位于SARS-CoV-2的S和ORF7b蛋白中的其他氨基酸相似。与毒素破伤风蛋白相匹配的DISGINASVV片段以前曾被描述为SARS-CoV-2 S蛋白抗原肽的一部分[34.].Trigueiro-Louro等人针对Spike结构域的高度保守区域进行了基于结构的策略研究,并证明与DISGINASVV区域相匹配的结构域“CD-HR2.1”(氨基酸1112-1232)是一个“高度保守的可药物区域”[14.]. 关于与ORF7b蛋白匹配的片段,ORF7b蛋白可能具有辅助功能,其作用尚待确定[35.],我们不能排除其可能的免疫原性作用。另一方面,我们还记录了麻疹融合蛋白和血凝素蛋白与SARS-CoV-2尖峰蛋白、包膜蛋白和基质蛋白之间的显著全球一致性水平(45–50%)(补充资料)。1). 此外,另一项使用不同于Edmonston麻疹和Wistar RA 27/3风疹疫苗株的其他麻疹和风疹序列的研究显示,SARS-COV-2棘突蛋白的N末端区域与麻疹病毒的融合蛋白以及风疹病毒的包膜蛋白之间存在相似性。然而,没有得到与晶体结构相似的结果[18.].以前的研究表明,诸如口服脊髓灰质炎疫苗、卡介苗和MMR等减毒活疫苗可以改善对其他病原体的固有免疫应答[36.].活疫苗的这些非特异性效果涉及培训的免疫力,其指的是先天免疫细胞的记忆样特征[37.].事实上,在暴露于疫苗或微生物成分等初级刺激后,天然免疫细胞,特别是单核细胞和nk细胞,进行表观遗传重编程,随后调节细胞因子的产生和细胞代谢,并集体增强对不相关的次级刺激的反应能力。在这条线上,观察性研究报告了接种减毒活疫苗的儿童住院率和总死亡率的下降[14.].此外,儿科人群似乎更不容易受到COVID-19的影响,特别是在低收入和中等收入国家[14.38.39.].长期使用的减毒疫苗覆盖率高,可以部分解释儿童症状感染率低的原因。因此,针对大量接种人群的流行病学研究有助于评估MMR疫苗对COVID-19的保护作用。

结论

自2019年12月以来,新的冠状病毒,SARS-COV-2,围绕着造成全球大流行的这个词,超过9100万确诊病例和一百万个死亡。

在硅片战略使用,这项研究表明乙肝,破伤风和麻疹疫苗对SARS冠状病毒-2应该由广泛的流行病学研究针对大量人口被证实的保护效果。这可能交叉保护可以解释国家间的疾病严重程度的变化。

材料与方法

研究疫苗和序列

我们的研究重点关注12个疫苗,包括现场减毒(BCG,OPV,MMR疫苗)和灭活的疫苗(破伤风白喉棒状杆菌,百日咳杆菌,乙型肝炎,甲型肝炎,B型流感嗜血杆菌(Hib)和链球菌引起的肺炎疫苗(PCV10)(表2).

表2本研究研究的疫苗及相应抗原蛋白

The full amino-acid sequences of the main antigenic proteins (n = 30) corresponding to the 12 investigated vaccines were obtained from NCBI Genbank database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov.).加入号码列于表中2.此外,从NCBI中获得SARS-CoV-2武汉参考株(NC_045512)的结构蛋白(Spike (S)、包膜蛋白(E)、膜糖蛋白(M)、核衣壳蛋白(N)和非结构蛋白(ORF1ab、ORF1a、ORF3a、ORF6、ORF7a、ORF7ab、ORF8和ORF10)的氨基酸序列。

氨基酸序列比对及热点分析

通过对SARS-CoV-2疫苗的抗原序列进行查询,利用Blastp同源性搜索对类似片段(包括相同氨基酸和/或类似氨基酸(具有相似的生化特性)进行了评估[50].根据Karlin和Altschul(1990)的随机模型,爆炸2序列工具与10的预期阈值(E值)一起使用,以便看到较短的对准51].利用BioEdit软件7.2.5版本(http://www.mybiosoftware.com/bioedit-7-0-9-biological-sequence-alignment-editor.html).

结构分析和抗原性预测

SARS-CoV-2刺突蛋白的结构来源于PDB entries 7BYR [52]和6LXT [21.]分别对应于S1和S2亚基的结构。与SARS-CoV-2武汉-湖北-1分离株S蛋白(穗蛋白登录号为YP_009724390.1)的参考序列相比,两个结构的序列同源性分别为99.6和100%。与S和N蛋白序列相匹配的片段被映射到结构上。使用freesasa计算每个残渣的溶剂可及表面积(SASA) [52].b细胞和t细胞表位预测使用IEDB分析资源Bepipred 2.0进行[29.]和IEDB分析资源NetMHCpan [53方法:上传SARS-CoV-2蛋白一级结构;这些与HLA基因A、B、C、E和G相对应,涵盖了来自不同等位基因组的134个等位基因。附加文件中提供了这些等位基因的列表4.根据蛋白酶体的加工机制,预测肽段的长度被设定为8-11个残基的默认值[54].如果它显示出良好的局部对准,则保持图案,没有凹凸不平的局部对准,并且不超过两个连续不同的残留物。查询的匹配模式必须显示出显着的抗原性预测,至少与其中一个方法,IEDB Bepipred或IEDB NetMhcpan。使用肽评分的截止不小于0.1。在这种级别,根据Jutz等人的评估,敏感性和特异性值将高于0.9。[55].对于IEDB Bepipref,推定表位必须显示出超过0.5的分数,适用于其所有构建氨基酸。

溶剂可接近的表面积(SASA)计算残留物明智。使用三根探测半径,包括模拟溶剂分子(1.4Å)和另外两个(5和10)以进入推定B细胞表位的抗体互补确定区域(CDR)的可访问性[56].

数据和材料的可用性

作为本研究的一部分产生或分析的所有数据都包含在这篇发表的文章及其补充信息文件中。本研究中使用的序列登录数见表2,在文章的材料和方法部分。生成的所有数据都可在公共存储库中使用https://figshare.com/articles/dataset/Comparative_study_of_SARS-CoV-2_proteins_and_antigenic_proteins_in_BCG_OPV_MMR_and_other_vaccines_evidence_of_possible_putative_protective_effect/13220762

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下载参考

确认

这项研究由突尼斯高等教育和科学研究部(研究实验室:病毒、媒介和宿主)资助。这也部分由欧盟项目支持PHINDaccess:加强病原体-宿主相互作用的组学数据分析能力(授予协议编号:811034)。

资金

这项研究是由高等教育和科学研究部突尼斯(:; LR20IPT10病毒,载体和宿主研究实验室)的资助。这也部分由欧盟项目支持PHINDaccess强化病原体宿主交互中的OMICS数据分析能力(授予协议编号:811034)。

作者信息

隶属关系

作者

贡献

SH-B, HO和KG设计了研究,SH-B和HO撰写了主要文本,HO, RT, KA和ML参与了分析和准备数据,SH-B, IBM, MK和HT验证了研究。所有作者阅读并批准了最终的手稿。

作者的信息

Sondes Haddad-Boubaker是突尼斯科学学院病毒学助理教授。她是在突尼斯的巴斯特研究所临床病毒学实验室助理教授,该教授是脊髓灰质炎的世卫组织区域参考实验室和EMR中的麻疹。她也是突尼斯突尼斯高级健康技术研究所的临床病毒学教授和微生物科的协调员。她的研究兴趣包括人类病毒的分子表征和OMICS数据分析,尤其是脊髓灰质炎病毒,肠道病毒和SARS-COV2。

Houcemeddine Othman是悉尼Brenner的生物形态管理员在Witwatersrand大学的分子生物科学研究所。他的主要兴趣是药物替代,分子建模和数据科学。他是一个可重复的研究实践和数据分享的狂热支持者,试图提高生物信息学和基因组学领域的这些问题的认识。

Rabeb Touati获得突尼斯国家工程学院(ENIT)电气工程博士学位。目前,她在突尼斯医学院(FMT)人类遗传学实验室(LR99ES10)拥有博士后职位。主要研究方向为基因组信号处理、生物信息学、模式识别和机器学习。

Kaouther Ayouni是突尼斯突尼斯巴斯德研究所临床病毒学实验室的一名博士生。

Marwa Lakhal是突尼斯突尼斯医学院人类遗传学的博士生。

Imen本·穆斯塔法在突尼斯医学院免疫学系的教授和研究小组在传输,控制和感染免疫学的的实验室在巴斯德研究所去突尼斯的头,突尼斯。

Kais Ghedira是突尼斯巴斯德研究所生物信息学助理教授。他是突尼斯巴斯德突尼斯研究所生物数学、生物数学和生物统计学实验室研究小组的负责人。主要研究方向为组学、数据集成和功能基因组学。

马赫Kharrat是距离突尼斯医学院(FMT)在人类遗传学教授。他于2006年在突尼斯医学院(FMT)人类遗传学教授。他在突尼斯的医学院(FMT)遗传实验室人(LR99ES10)的负责人。他的研究兴趣包括人类遗传学。

Henda Triki自2006年起在突尼斯医学院(FMT)担任病毒学教授。她是临床病毒学实验室的负责人,该实验室是世卫组织EMR区域脊髓灰质炎和麻疹区域参考实验室。2018年,她被任命为突尼斯巴斯德研究所临床研究中心主任,该中心题为:“传染病:诊断、预防和治疗的自然史和创新工具”。目前,她是全国COVID-19疫苗接种协会成员。

通讯作者

通信Sondes Haddad-Boubaker

伦理宣言

伦理批准和同意参与

这项研究不包括人类参与者或患者数据。因此,不需要伦理批准和同意参与。

同意出版

不适用。这项研究没有包括患者。

相互竞争的利益

两位作者宣称他们没有相互竞争的利益。

附加信息

出版商的注意

欧宝体育黑玩家施普林格《自然》杂志对已出版的地图和机构附属机构的管辖权要求保持中立。

补充信息

附加文件1:

SARS-CoV的-2的结构蛋白的序列和研究疫苗的主要抗原蛋白之间的全局氨基酸身份。

附加文件2:

SARS-COV-2蛋白与研究疫苗中的抗原蛋白之间鉴定的类似模式。

附加文件3:

水泡性口炎病毒核蛋白(PDB代码2VAA)复合物中MHC I类重链的结构[57].结合槽底由5股beta板组成,类似于麻疹血凝素蛋白中MSLSLLDLYL肽的稳定beta板。

附加文件4:

利用IEDB分析资源预测CMH-I结合的HLA等位基因列表。

权利和权限

开放访问本文是基于知识共享署名4.0国际许可,允许使用、共享、适应、分布和繁殖在任何媒介或格式,只要你给予适当的信贷原始作者(年代)和来源,提供一个链接到创作共用许可证,并指出如果变化。本文中的图像或其他第三方材料都包含在本文的知识共享许可中,除非在该材料的信用额度中另有说明。如果资料不包括在文章的知识共享许可协议中,并且你的预期用途没有被法律规定允许或超过允许用途,你将需要直接从版权所有者获得许可。如欲查阅本许可证副本,请浏览http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.Creative Commons公共领域奉献豁免(http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/)适用于本条中提供的数据,除非数据信用额度中另有规定。

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哈达德-布贝克(S. Haddad-Boubaker, S. Othman, H. Touati, R. Touati)et al。在对SARS-CoV-2蛋白和卡介苗、口服脊髓灰质炎疫苗、MMR和其他疫苗中的抗原蛋白的硅比较研究中:可能假定的保护作用的证据。欧宝娱乐合法吗22,163(2021)。https://doi.org/10.1186/s12859-021-04045-3

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关键字

  • SARS-CoV-2
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  • 口服脊髓灰质炎疫苗
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