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表1一组1000个质粒的COPLA准确度

发件人:COPLA,一种分类学ClassizeroF解放军斯密兹

结果 肠杆菌 乳杆菌目 芽孢杆菌目 所有样品
正确分配PTU 230 (89%) 88 (92%) 107 (94%) 935 (94%)
簇重构A. 4 (2%) 5 (5%) 3 (3%) 31 (3%)
完全正确的预测 234 (91%) 93 (97%) 110 (96%) 966 (97%)
  1. 从参考数据集中随机删除1000个质粒(参考文献84),包括9894个质粒。使用这些质粒中的每一个作为查询来运行COPLA。该表显示了所有样本和选定细菌顺序的每个预测结果的病例数(和百分比)。个别结果可在其他文件中找到2.
  2. A.由于从RefSeq84 sHSBM网络中消除了1000个质粒,一些包含4-5个成员的PTU低于PTU定义的阈值(至少4个成员)。因此,当一个质粒被分配到这些簇中的一个时,PTU分配没有发生(或导致“新的PTU分配”),但事实上结果是正确的,因为质粒被分配到了正确的簇中