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成像、图像分析和数据可视化

彭汉川主编

本节包含成像和生物图像信息学的所有方面,包括但不限于:显微和生物医学图像采集方法和应用、图像分析和相关机器学习的方法和应用、模式识别和数据挖掘技术,面向图像的多维数据和元数据可视化技术,生物图像标注和本体生成的方法和应用。

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  1. 极性敏感荧光探针的光谱成像能够定量测定细胞和模型膜的物理性质,包括局部水化、流动性和侧向脂质堆积,通常是常用的。

    作者:Miles Aron, Richard Browning, Dario Carugo, Erdinc Sezgin, Jorge Bernardino de la Serna, Christian Eggeling和Eleanor Stride

    引用:欧宝娱乐合法吗201718: 254

    内容类型:软件

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  2. 图像配准是图像处理领域的一个重要研究课题。将图像配准应用于血管图像可以实现多幅图像的增强和融合,具有实用价值。

    作者:李晨、连玉玺、郭毅、王元元、托马斯·S·哈特苏卡米、克里斯蒂·皮门特尔、尼兰詹·巴鲁和春元

    引用:欧宝娱乐合法吗201718:229

    内容类型:研究文章

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  3. 近年来,用于细胞成像的显微技术发展迅速。伴随而来的对图像细胞的自动分割和定量的要求越来越多。

    作者:王振洲,李海星

    引用:欧宝娱乐合法吗201718: 189

    内容类型:研究文章

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  4. 在立体脑电图(SEEG)信号的评估中,物理学家的工作流程涉及多个操作,包括确定单个电极触点的位置,包括根据相对位置和相对位置。。。

    作者:马西莫·纳里扎诺,加布里埃尔·阿努尔弗,塞雷娜·里奇,贝内德塔·托塞利,马丁·蒂斯达尔,安德里亚·卡内萨,马尔科·马西莫·法托和弗朗西斯科·卡迪纳莱

    引用:欧宝娱乐合法吗201718: 124

    内容类型:软件

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  5. 通过降维实现数据可视化是生物信息学中的一种重要策略,它可以帮助发现隐藏的数据属性,检测数据质量问题,如数据噪声、实验室不适当等。

    作者:杨娇云、王海鹏、丁惠通、宁安和吉尔·奥特洛维茨

    引用:欧宝娱乐合法吗201718: 47

    内容类型:研究文章

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  6. 在科学图像采集的世界里没有黄金标准;每种工具都有自己的专有数据格式,这使得数据的开箱即用共享几乎不可能。在…

    作者:Mark C. Hiner, Curtis T. Rueden和Kevin W. Eliceiri

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 521

    内容类型:软件

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  7. 在计算生物学中,高通量、高维实验生成的数据可视化正迅速成为一个限制速率的步骤。有一个持续的需求,快速发展高质量的v…

    作者:Felix Lam, Christopher M. Lalansingh, Holly E. Babaran, Zhiyuan Wang, Stephenie D. Prokopec, Natalie S. Fox和Paul C. Boutros

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 401

    内容类型:软件

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  8. 直接体绘制是检测医学、生物图像等大体积数据的一种灵活有效的方法。在传统的体积渲染中,设置u…

    作者:周建龙,王秀英,崔慧,龚鹏,苗祥林,苗亚林,肖春,陈芳,冯大干

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 309

    内容类型:研究文章

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  9. 数字病理学领域已经取得了很大的进展。这类数据分析方法的发展使得开发客观有效的基准合成数据集变得至关重要。

    作者:Violeta N. Kovacheva, David Snead和Nasir M. rajpot

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 255

    内容类型:研究文章

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  10. 鱼类跟踪是基于视频的鱼类行为分析的重要一步。由于严重的身体变形和多条游动鱼的相互遮挡,从视频图像中准确而鲁棒地跟踪鱼类,是一种有效的方法。

    作者:支明倩、硕红望、习恩成和闫秋晨

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 251

    内容类型:方法论的文章

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  11. 目前的组织病理学检查在速度和准确性方面是有限的。目前的诊断范式并不能完全描述癌症的复杂和复杂的模式。为了满足这些需求,w…

    作者:金太国、斯蒂芬·休伊特、安德烈·亚历山大·卡伊达西·巴拉、索拉布·辛哈和罗希特·巴尔加瓦

    引用:欧宝娱乐合法吗201617:227

    内容类型:研究文章

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  12. 基因组学和蛋白质组学是当今发现新生物标志物的主要技术。然而,组织病理学图像包含了与肿瘤组织学、形态学和肿瘤相关的丰富信息。。。

    作者:Vlad Popovici, Eva Budinská, Lenka Čápková, Daniel Schwarz, Ladislav Dušek, Josef Feit和Rolf Jaggi

    引用:欧宝娱乐合法吗201617:209

    内容类型:研究文章

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  13. 单粒子跟踪(SPT)是目前研究蛋白质在质膜内扩散时空动态的最常用技术之一。确实,真核细胞的膜成分…

    作者:帕特里斯·多塞特,帕特里斯·拉萨姆,劳伦特·费尔南德斯,塞德里克·埃斯佩内尔,埃里克·鲁宾斯坦,伊曼纽尔·玛格特和皮埃尔-伊曼纽尔·米列耶特

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 197

    内容类型:研究文章

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  14. 基因启动子区域的DNA甲基化具有调控基因转录的潜力。在一个区域的多个CpG位点上的甲基化模式通常是复杂的和细胞类型特异性的,该区域…

    作者:Nicholas C. Wong, Bernard J. Pope, Ida L. Candiloro, Darren Korbie, Matt Trau, Stephen Q. Wong, Thomas Mikeska, Xinmin Zhang, Mark Pitman, Stefanie Eggers, Stephen R. Doyle和Alexander Dobrovic

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 98

    内容类型:软件

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  15. 三维时间序列(3D+t)中细胞分割和分析的稳健方法对于定量细胞生物学至关重要。虽然许多自动分割方法表现得很好,但很少有通用的。。。

    作者:戴安娜·德里巴尔托夫、乌特卡什·高尔、詹妮弗·金、马修·库拉基斯、艾琳·纽曼·史密斯、威廉·史密斯、塞缪尔·贝尔泰顿、丹尼尔·B·西曼斯基和B·S·曼朱纳斯

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 88

    内容类型:方法论的文章

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  16. 使用机器学习的自动分类通常依赖于从分割单个对象中获得的特征,这可能很难实现自动化。WND-CHARM是一个以前开发的分类algor…

    作者:Virginie Uhlmann, Shantanu Singh和Anne E. Carpenter

    引用:欧宝娱乐合法吗201617: 51

    内容类型:软件

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  17. 微阵列分析代表了一种强有力的方法来检验关于细胞功能的科学假设。测量考虑了整个基因组,大量生成的数据需要复杂的……

    作者:Bogdan Belean、Monica Borda、Jörg Ackermann、Ina Koch和Ovidiu Balacescu

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 412

    内容类型:研究文章

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  18. 我们描述了一套工具和方法,这些工具和方法构成了研究人员和临床研究人员评估多个分析管道的核心能力,并量化了这些分析管道的敏感性和可变性。。。

    作者:Tahsin Kurc, Xin Qi, Daihou Wang, Fusheng Wang, George Teodoro, Lee Cooper, Michael Nalisnik, Lin Yang, Joel Saltz and David J. Foran

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 399

    内容类型:研究文章

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  19. 单细胞在其自然环境中的分析是解决发育系统生物学关键问题的有力方法。共聚焦显微镜成像完整的组织,其次是自动图像…

    作者:Michael Chiang, Sam Hallman, Amanda Cinquin, Nabora Reyes de Mochel, Adrian Paz, Shimako Kawauchi, Anne L. Calof, Ken W. Cho, Charless C. Fowlkes和Olivier Cinquin

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 397

    内容类型:方法论的文章

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  20. 近年来,高光谱显微镜技术如红外或拉曼显微镜已成功应用于诊断目的。在许多相应的研究中,……

    作者:陈杨,Daniel Niedieker, Frederik Großerüschkamp, Melanie Horn, Andrea Tannapfel, Angela Kallenbach-Thieltges, Klaus Gerwert和Axel Mosig

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 396

    内容类型:方法论的文章

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  21. γH2AX焦点的数量每个细胞核是一个可接受的衡量DNA双链断裂的单细胞。免疫荧光法是检测培养细胞γH2AX的实验方法之一。

    作者:Anastasiya Lapytsko, Gabriel Kollarovic, Lyubomira Ivanova, Maja Studencka和Jörg Schaber

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 392

    内容类型:软件

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  22. 三十年来,序列标志是事实上的生物学和生物信息学中序列基序可视化标准。这个成功故事的原因在于其简单明了。我……

    作者:Martin Nettling, Hendrik Treutler, Jan Grau, Jens Keilwagen, Stefan Posch and Ivo Grosse

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 387

    内容类型:软件

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  23. 神经元解剖结构的重建是神经科学中具有挑战性和重要意义的课题。然而,很少有算法能在不需要人工帮助的情况下很好地自动重建整个结构,这使得本文的研究成为可能。

    作者:罗功宁,隋东,王宽全,蔡金锡

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 342

    内容类型:研究文章

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  24. 这篇调查论文的目的是概述使用光学显微镜成像和自动图像分割的细胞测量。主要感兴趣的细胞测量取自哺乳动物…

    作者:Peter Bajcsy, Antonio Cardone, Joe Chalfoun, Michael Halter, Derek Juba, Marcin Kociolek, Michael Majurski, Adele Peskin, Carl Simon, Mylene Simon, Antoine Vandecreme和Mary Brady

    引用:欧宝娱乐合法吗201516:330

    内容类型:研究文章

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  25. 肾小球的检测是肾脏显微图像组织病理学评估的关键步骤。然而,肾小球的自动检测任务带来了挑战,因为它的复杂性。。。

    作者:加藤刚,雷莎,恩古法良,Hirohashi Yoshihiro, Takaki Osamu, Tetsuhiro Kakimoto, Kinya Okada

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 316

    内容类型:研究文章

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  26. DNA指纹技术是一种比较DNA模式的技术,在各种环境中都有应用。一些商业和免费提供的工具可以用来分析DNA指纹凝胶图像。。。

    作者:乔纳森·赫拉斯、塞萨尔·多明格斯、埃洛伊·马塔、维科·帕斯夸尔、卡门·洛扎诺、卡门·托雷斯和米里安·扎拉扎加

    引用:欧宝娱乐合法吗201516: 270

    内容类型:软件

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  27. 目前医学研究中使用的许多细胞系,如癌细胞或干细胞,都是在融合片或菌落中生长的。单个细胞的生物学特性提供了有价值的信息,因此细胞的分离是有价值的。

    作者:Joe Chalfoun, Michael Majurski, Alden Dima, Christina Stuelten, Adele Peskin和Mary Brady

    引用:欧宝娱乐合法吗201415: 431

    内容类型:研究文章

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  28. 显微技术的最新进展使得从活体组织中获取大量的层析成像图像成为可能。三维显微镜图像的显示通常采用体积渲染的方法,通过调节t…

    作者:中尾Megumi Nakao, Shintaro takamoto, Tadao Sugiura, Kazuaki Sawada, Ryosuke Kawakami, Tomomi Nemoto和Tetsuya Matsuda

    引用:欧宝娱乐合法吗201415: 415

    内容类型:研究文章

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  29. 由于学习和使用3D建模和渲染软件存在困难,许多科学家雇佣程序员或动画师来创建模型和动画。这都会减慢发现过程。。。

    作者:Shawn M Waldon, Peter M Thompson, Patrick J Hahn和Russell M Taylor II

    引用:欧宝娱乐合法吗201415:334

    内容类型:研究文章

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  30. 细胞生物学的研究正在稳步地提供有关生理过程许多方面的新知识,包括涉及的分子结构及其相关功能。插图。。。

    作者:Ivan Kolesar, Julius Parulek, Ivan Viola, Stefan Bruckner, Anne-Kristin Stavrum和Helwig Hauser

    引用:欧宝娱乐合法吗201415:345

    内容类型:研究文章

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  31. 描述生物化学系统动力学行为的力学模型在计算系统生物学中很常见,特别是在细胞信号传导领域。这样的家庭的发展…

    作者:小约翰·E·温斯科维奇、伦纳德·A·哈里斯、何塞·胡安·塔皮亚、詹姆斯·R·费德和G·伊莉莎贝塔·马拉伊

    引用:欧宝娱乐合法吗201415: 316

    内容类型:研究文章

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