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网络分析

Jean-Philippe Vert编辑的部分

本节包括网络分析的所有方面,包括但不限于:用于预测,分析和可视化网络的方法,以及对系统生物学的应用。

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  1. 大规模的生物数据集经常受到噪声的污染,这可能会妨碍对潜在过程的准确推断。这种测量噪声可能来自细胞等内源性生物因素。

    作者:Andrew J. Kavran和Aaron Clauset

    引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.:157

    内容类型:研究文章

    发表于:

  2. 集线器转录因子,调节基因调节网络(GRNS)中的许多靶基因,发挥重要作用作为疾病调节因子和潜在的药物目标。但是,虽然众多方法已经发生了......

    作者:JuliaÅkesson,Zelmina Lubovac-Pilav,Rasmus Magnusson和Mika Gustafsson

    引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.:58

    内容类型:方法文章

    发表于:

  3. 高通量实验产生了大量大量的蛋白质相互作用数据,用于研究蛋白质网络。学习完整的蛋白质网络可以揭示更多的洞察力......

    作者:Umair Ayub,Imran Haider和Hammad Naveed

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:500.

    内容类型:方法文章

    发表于:

  4. 基因和蛋白质相互作用实验提供了研究细胞的分子布线的独特机会。使用此信息集成高吞吐量功能基因组学数据可以帮助识别NE ...

    作者:Viola Fanfani,Fabio Cassano和Giovanni Stracquadanio

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 476

    内容类型:软件

    发表于:

  5. 传染病是一个残酷的杀手,每年在世界各地有数百万的受害者。了解病毒的感染机制对于抑制病毒具有重要意义。揭开…面纱的最好方法之一是…

    作者:巴巴克·霍斯兰,阿卜杜勒扎萨萨萨(Abdorreza Savadi)和Mahmoud Naghibzadeh

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:400

    内容类型:研究文章

    发表于:

  6. 蛋白质功能的准确注释具有重要意义,阐明生命现象,治疗疾病和开发新药。已经开发了各种方法以方便......

    作者:双海赵,张章,兆京江,西湖,迎春罗和雷王

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 355

    内容类型:研究文章

    发表于:

  7. 虽然技术进步使得可以在高分辨率下进行免疫系统,但将高吞吐量数据转化为免疫机制的知识已经受到...的复杂性的挑战。

    作者:Michelle B. Atallah,Varun Tandon,Kamir J. Hiam,Hunter Boyce,Michelle Hori,Waleed Atallah,Matthew H. Spitzer,Edgar Engleman和Parag Mallick

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 346

    内容类型:研究文章

    发表于:

  8. 基因调控网络(GRNs)已经通过布尔/多状态逻辑进行了研究。虽然基因表达值通常缩放到范围[0,1],这些GRN推断方法应用一个…

    作者:Seyed Amir Malekpour,Amir Reza Alizad-Rahvar和Mehdi Sadeghi

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:318.

    内容类型:方法文章

    发表于:

  9. 在转录过程中,许多转录因子(TFs)以高度协调的方式与靶标结合,控制基因的表达。tf结合谱组的改变(即“共同结合变化”…

    作者:景张,杰森刘,东半李,沙科楼,Zhanlin Chen,GamzeGürsoy和Mark Gersein

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:281

    内容类型:方法文章

    发表于:

  10. 近年来,提高证据表明,长期的非编码RNA(LNCRNA)深受广泛的人体生物途径。LNCRNA的突变和疾病是紧密的......

    作者:钱谦元,兴利郭,杨仁,小文和林高

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:180

    内容类型:方法文章

    发表于:

  11. mRNA与其他MRNA和其他信号分子相互作用决定了不同的生物途径和功能。基因共表达网络分析方法已被广泛用于识别相关性......

    作者:Anna M. Nia,Tianlong Chen,Brooke L. Barnette,Kamil Khanipov,Robert L. Ullrich,Suresh K. Bhavnani和Mark R. Emmett

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 118

    内容类型:方法文章

    发表于:

  12. 为了提高基于约束的代谢模型的准确性,已经开发了几种方法来整合额外的生物信息。其中两种方法,MOMENT和GECKO…

    作者:Pavlos Stephanos Bekiaris和Steffen Klamb

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:19

    内容类型:方法文章

    发表于:

  13. 在数千种物种中,可用知识的快速增长仍在继续通过组合不同物种中发现的途径来扩大生产化学品的可能性。一些...

    作者:Sarah M. Kim, Matthew I. Peña, Mark Moll, George N. Bennett和Lydia E. Kavraki

    引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.:13

    内容类型:方法文章

    发表于:

  14. 高吞吐量技术对生物结构域带来了巨大的变化,由此产生的高维数据也对计算科学构成了巨大挑战。贝叶斯网络是......

    作者:嘉金陈,汝阳张,雪王洞,李娟林,莹朱,杰宇河,大卫C. Christiani,永裕魏和冯辰

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:711

    内容类型:软件

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  15. 未接受的宿主相关样品的代谢组合已经产生了微生物调节健康的机制的见解。但是,数据解释是通过小M的起源复杂性挑战的挑战......

    作者:M. Shaffer, K. Thurimella, K. Quinn, K. Doenges, X. Zhang, S. Bokatzian, N. Reisdorph and C. A. Lozupone

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:614

    内容类型:方法文章

    发表于:

  16. 生物学数据驱动的网络已成为从生物医学领域生成的大规模,异构数据集的强大分析工具。蛋白质 - 蛋白质相互作用网络可以识别最多的......

    作者:MilaGrosMarín,弗朗西斯科J.Esteban,HilarioRamírez-Rodrigo,Eduardo Ros和MaríaJoséSáez-Lara

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:565

    内容类型:方法文章

    发表于:

  17. 一组差异表达的基因通常包含诱导疾病过程的驾驶基因。然而,用于鉴定差异表达基因的各种方法产生相当不同的结果。因此,我们......

    作者:Maryam Nazarieh,Hema Sekhar Reddy Rajula和Volkard Helms

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:550

    内容类型:研究文章

    发表于:

  18. 在分子水平下,非均相分子的非线性网络控制许多生物过程,使系统生物学在该领域提供了有价值的方法,建立了exper的整合......

    作者:S.HA,E. Dimitrova,S. Hoops,D. Altarawy,M.Ansariola,D.Beb,J.Glazebrook,R. Hillmer,H. Shahin,F. Katagiri,J.Chahin,J. Megraw,J.Setubal, B. M. Tyler and R. Laubenbacher

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:508

    内容类型:软件

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  19. 产品合成和微生物生长的代谢偶联是最大化生产性能的突出方法。生长耦合(GC)还有助于稳定目标生产并允许选择......

    作者:Tobias B. Alter和Birgitta E. Ebert

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:447.

    内容类型:研究文章

    发表于:

  20. 蛋白质相互作用数据库通常根据可用的实验证据为每个记录的相互作用提供置信度分数。蛋白质相互作用网络(PINs)然后建立阈值在t…

    作者:Lyuba V. Bozhilova,Alan V. Whitmore,Jonny Wray,Gesine Reinert和Charlotte M. Deane

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:446.

    内容类型:研究文章

    发表于:

  21. 基因和蛋白质相互作用数据通常表示为相互作用网络,其中节点代表基因或基因产物,并且每个边缘代表一对基因节点之间的关系。常见,tha ...

    作者:Joëllebarido-sottani,Samuel D. Chapman,Evsey Kosman和Arcady R. Mushegian

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:435

    内容类型:研究文章

    发表于:

  22. 环状rna (circRNAs)的功能研究主要集中在通过与多个miRNAs相互作用来调控基因表达。然而,预测的靶基因数量是典型的…

    作者:Ya-Chi Lin,Yueh-Chun Lee,Kai-Li Chang和Kuei-Yang Hsiao

    引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.:372.

    内容类型:软件

    发表于:

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