Jean-Philippe Vert编辑的部分
本节包括网络分析的所有方面，包括但不限于：用于预测，分析和可视化网络的方法，以及对系统生物学的应用。
使用网络过滤器去噪大规模生物数据
大规模的生物数据集经常受到噪声的污染，这可能会妨碍对潜在过程的准确推断。这种测量噪声可能来自细胞等内源性生物因素。
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.：157
网络分析
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SaverUnner：一种基于R的药物重新施用工具
目前，没有证明的新型冠状病毒病Covid-19的有效药物存在，尽管疫苗接种活动广泛，我们远非畜牧业。仍然脱脂的人数......
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.：150
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加权最小反馈顶点集和在人体癌症基因检测中的实施
最近，已经提出了许多计算方法来预测癌症基因。一种典型的方法是在肿瘤和正常样品之间找到差异表达的基因。但是，有一个......
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.：143
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马铃薯关联面板中的代谢物相关网络相关系数阈值设置指南
相关网络分析已成为研究代谢物数据集的积分工具。通过基于两个阈值省略代谢物之间的相关性来构造网络 - 即R.和相关的…
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.: 116
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CENET OMNIBUS：R /闪亮应用于竞争内源性RNA网络的构建和分析
竞争内源性RNA（CERNA）调节是一种新发现的转录后调节机制，并在生理和病理进展方面发挥重大作用。Cerna Networks提供GL ...
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.：75
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comhub：基因监管网络中枢中心的社区预测
集线器转录因子，调节基因调节网络（GRNS）中的许多靶基因，发挥重要作用作为疾病调节因子和潜在的药物目标。但是，虽然众多方法已经发生了......
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.：58
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使用拓扑，序列和功能信息的数据驱动生物网络对齐
网络比对(NA)可以在物种保守的生物网络区域间传递功能知识。传统的NA假设网络之间是拓扑相似(同构匹配)。
引用:欧宝娱乐合法吗2021.22.：34
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潜在的类分布回归从受污染的数据源估计非线性参考限制
基于定量测试结果的医学决策取决于可靠的参考间隔，这代表了健康人群的生理试验范围。目前的esti ......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：524
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康务 - 全局PPI网络对齐方法意识方法
高通量实验产生了大量大量的蛋白质相互作用数据，用于研究蛋白质网络。学习完整的蛋白质网络可以揭示更多的洞察力......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：500.
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Pygna：一个统一的基因网络分析框架
基因和蛋白质相互作用实验提供了研究细胞的分子布线的独特机会。使用此信息集成高吞吐量功能基因组学数据可以帮助识别NE ...
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 476
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一种估计主要人类疾病和特征中分子机制的一致性的方法
诸如高度和智力的表型被认为是多种表型相关基因和蛋白质产品中相互作用的集体作用的产物。室内间高/低
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 473
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与蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的解剖学本体数据的整合提高了解剖实体的候选基因预测精度
对解剖实体负责的基因鉴定是许多领域的主要要求，包括发育生物学，医学和农业。目前用于此目的的湿式实验室技术，s ...
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：442.
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C3：连接单独的连接组件以形成一块简洁的疾病模块
精确的疾病模块有利于理解疾病的分子机制和鉴定药物靶标。但是，由于人类互乱的疾病模块的碎片化......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：433
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综合宿主-病原体蛋白-蛋白相互作用网络分析
传染病是一个残酷的杀手，每年在世界各地有数百万的受害者。了解病毒的感染机制对于抑制病毒具有重要意义。揭开…面纱的最好方法之一是…
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：400
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NPF：蛋白质功能预测的网络传播
蛋白质功能的准确注释具有重要意义，阐明生命现象，治疗疾病和开发新药。已经开发了各种方法以方便......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 355
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免疫球:通过人工策划的细胞间免疫相互作用网络实现系统免疫
虽然技术进步使得可以在高分辨率下进行免疫系统，但将高吞吐量数据转化为免疫机制的知识已经受到...的复杂性的挑战。
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 346
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一种综合网络驱动管线，用于系统鉴定转移性黑色素瘤中LNCRNA相关的监管网络图案
黑色素瘤表型和其发展的动力是由不同类型的调节分子之间的复杂相互作用决定的。特别是，转录因子(TFs)， microRNAs (miRN…
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 329
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重组基因调控网络的概率连续逻辑
基因调控网络(GRNs)已经通过布尔/多状态逻辑进行了研究。虽然基因表达值通常缩放到范围[0,1]，这些GRN推断方法应用一个…
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：318.
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晚餐：A迪共调控分析的婚姻图形模型NE.锥R.ewiring.
在转录过程中，许多转录因子(TFs)以高度协调的方式与靶标结合，控制基因的表达。tf结合谱组的改变(即“共同结合变化”…
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：281
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在高维惩罚Cox回归模型中分组的预测变量或途径的核对
标准套索惩罚及其扩展通常用于开发正则化回归模型，同时在高维数据中选择候选预测器变量。豪...
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：277
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RWRMTN：基于MicroRNA-Target基因网络预测疾病相关的MicroRNA的工具
microRNA (miRNA)的调控失调已被证明会导致疾病。最近，我们提出了一种基于mirna靶基因网络随机游走框架的计算方法来预测疾病。
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 244
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基于簇相关的LNCRNA疾病关联预测方法
近年来，提高证据表明，长期的非编码RNA（LNCRNA）深受广泛的人体生物途径。LNCRNA的突变和疾病是紧密的......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：180
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生物学中识别网络基元的主流方法的内在局限性
网络主题是连通结构，其频率明显高于机会，并且被认为在复杂的生物网络中发挥重要作用，例如在基因调节中，......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：165
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用布尔网络重建拟南芥诱导的全身抵抗防御反应基因调节网络
植物存活的重要过程是免疫系统。受益微生物引发的诱导的全身性抗性（ISR）是一种重要的成本效益的防御机制，植物被灌输了......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：142
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高效识别多种途径：肝脏的RNA-SEQ分析56.铁离子辐照小鼠
mRNA与其他MRNA和其他信号分子相互作用决定了不同的生物途径和功能。基因共表达网络分析方法已被广泛用于识别相关性......
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.: 118
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LK-DFBA：一种基于线性编程的模拟建模策略，用于捕获动态和代谢物依赖性调节在新陈代谢中
细胞代谢物的系统尺度分析，“代谢组学”，为代谢工程的应用提供了理想的数据。然而，许多应变设计的计算工具都是围绕Fl建立的。
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：93
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在酶的约束下自动构建代谢模型
为了提高基于约束的代谢模型的准确性，已经开发了几种方法来整合额外的生物信息。其中两种方法，MOMENT和GECKO…
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：19
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用预测途径改善代谢途径的组织和相互作用
在数千种物种中，可用知识的快速增长仍在继续通过组合不同物种中发现的途径来扩大生产化学品的可能性。一些...
引用:欧宝娱乐合法吗2020.21.：13
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Shinybn：交互式贝叶斯网络推理和可视化的在线申请
高吞吐量技术对生物结构域带来了巨大的变化，由此产生的高维数据也对计算科学构成了巨大挑战。贝叶斯网络是......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：711
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一种基于新的目标融合组随机行走，重启以预测潜在的LNCRNA疾病关联
近年来，lncrna (long-non-coding RNAs)已被证明与许多严重危害人类健康的严重疾病的发生和发展密切相关。然而，大多数……
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：626
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AMON：通过网络注释代谢产物来集成微生物组和代谢数据
未接受的宿主相关样品的代谢组合已经产生了微生物调节健康的机制的见解。但是，数据解释是通过小M的起源复杂性挑战的挑战......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：614
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代谢疾病的翻译网络 - 从蛋白质相互作用与疾病共同发生
最近的进展人类疾病网络已经为建立基因型与疾病表型之间的关系提供了见解。尽管有了很大的进步，但它仍然是只有米……
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：576
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一种基于蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的综合方法，用于鉴定和功能注释疾病相关基因应用于通道病
生物学数据驱动的网络已成为从生物医学领域生成的大规模，异构数据集的强大分析工具。蛋白质 - 蛋白质相互作用网络可以识别最多的......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：565
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拓扑一致性疾病特定的差分共同监管网络
一组差异表达的基因通常包含诱导疾病过程的驾驶基因。然而，用于鉴定差异表达基因的各种方法产生相当不同的结果。因此，我们......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：550
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Mienturnet：用于MicroRNA-target的富集和基于网络分析的交互式网络工具
miRNA调节几种能够靶向多种基因的miRNA的几种基因的表达，并且一种能够同时靶向多于一个miRNA的基因。因此，它已变得不可或缺......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：545
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WMGHMDA：一种新型加权元图基础图模型，用于预测异构信息网络的人微生物疾病结合
越来越多的生物学和临床证据表明微生物显着参与了广泛品种的复杂人类疾病的病理机制。推断...
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：541
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PlantsImlab - 植物生物学家的建模与仿真网状工具
在分子水平下，非均相分子的非线性网络控制许多生物过程，使系统生物学在该领域提供了有价值的方法，建立了exper的整合......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：508
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预测原核最佳生长温度的代谢网络的鲁棒结构测量
代谢网络反映了代谢物（生物分子）和酶（蛋白质）之间的关系，并且特别感兴趣，因为它们描述了生物体的所有化学反应。代谢物......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.: 499
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使用基于2层曲线图的扩散方法预测肿瘤样品和基因之间的联系
确定肿瘤样品和基因之间的关联要求，因为它需要高成本进行遗传实验。因此，肿瘤样品和基因毛之间的发现关联......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.: 462
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一种具有综合特征的基因共塑造网络的新型进化模型
揭示基因共表达网络的进化原则对于我们对新基因的网络拓扑性质的理解是重要的。但是，大多数现有的进化模型只考虑......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.: 460
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霍奇金淋巴瘤蛋白质 - 蛋白质相互作用网络调节分析miRNA
Hodgkin淋巴瘤（HL）是一种淋巴瘤的一种侵袭性恶性肿瘤，在年轻成年人和老年患者中具有高发病率。鉴定可靠的诊断标志物和有效的治疗目标......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：449.
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测定生长偶联策略及其基本原则
产品合成和微生物生长的代谢偶联是最大化生产性能的突出方法。生长耦合（GC）还有助于稳定目标生产并允许选择......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：447.
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测量蛋白质互动网络中的等级稳健性
蛋白质相互作用数据库通常根据可用的实验证据为每个记录的相互作用提供置信度分数。蛋白质相互作用网络(PINs)然后建立阈值在t…
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：446.
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EPI-GTBN：基于基于基于基于基于基因曲轴算法和贝叶斯网络的简超挖掘方法
影响特定表型特征的采矿的背景是生物学领域的重要研究问题。贝叶斯网络（BN）是一种图形模型，可以表达基因之间的关系......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：444.
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批量效应校正方法对药物诱导差异基因表达谱的影响
在基于基因表达签名的计算药物重新定位的大多数研究中，批量效应未占。尚不清楚批量效果清除方法如何影响Signatu的结果......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：437
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测量基因相互作用曲线之间的相似性
基因和蛋白质相互作用数据通常表示为相互作用网络，其中节点代表基因或基因产物，并且每个边缘代表一对基因节点之间的关系。常见，tha ...
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：435
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LNCRNA Hotis介导的WNT /β-Catenin网络建模预测和验证软骨损伤的治疗靶标
软骨损伤是涉及的几种病理病症，其特征在于骨关节障碍，如骨关节炎和类风湿性关节炎。积累的证据表明wnt /β-cate ......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：412
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多元商解释者：解释OMICS导致途径/基因组数据库的上下文
高通量实验可以为基因，蛋白质和/或代谢物之间的光学关联引起，其中许多将可通过现有知识解释。我们的目标是加快这种解释的阐明......
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：399
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循环RNA的常见目标分析
环状rna (circRNAs)的功能研究主要集中在通过与多个miRNAs相互作用来调控基因表达。然而，预测的靶基因数量是典型的…
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：372.
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识别在微生物代谢网络的指导反应中心图中的关键连接器
在非对称定向的生物网络中，中心节点的检测依赖于量化单个节点在网络中的重要性的中心度指标。在代谢网络的拓扑分析中，var…
引用:欧宝娱乐合法吗2019年20.：328
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