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序列分析(应用)

Joãosetubal编辑的部分

本节整合了序列分析应用的所有方面,包括但不限于:处理应用序列/基因组分析的软件、工作流程和网络服务器,序列组装,序列特征分析,以及通过序列特征估计的蛋白质功能和配体结合。

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  1. 亚核结构或位置与各种核过程有关。定位于这些亚结构中的蛋白质对于理解内部核机制很重要。尽管在高…

    作者:Maria Littmann,Tatyana Goldberg,Sebastian Seitz,MikaelBodén和Burkhard Rost

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.: 205

    内容类型:方法文章

    发表于:

    纠正本文已发表于此欧宝娱乐合法吗201920.:727

  2. 标准遗传密码是用于分配明确的21个标签,即氨基酸和止动转换信号,64个密码子的配方。但是,在翻译机械发展的早期阶段,......

    作者:Paweł BłaŻej, Małgorzata Wnetrzak, Dorota Mackiewicz和Paweł Mackiewicz

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.:114

    内容类型:研究文章

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  3. 环境DNA的高通量扩增子测序(EDNA Metabarcoding)已成为生物多样性调查和生态研究的常规工具。通过在先前PC中包括引物中的特定于样本标签......

    作者:Yoann Dufresne, Franck Lejzerowicz, Laure Apotheloz Perret-Gentil, Jan Pawlowski和Tristan Cordier

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.: 88

    内容类型:软件

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  4. 以基因组规模分析染色体构象的高通量技术表明,染色质在拓扑相关结构域(TADS)中组织。虽然TADS相对稳定的ACTOS ......

    作者:Konstantin Okonechnikov, Serap Erkek, Jan O. Korbel, Stefan M. Pfister和Lukas Chavez

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.:60

    内容类型:软件

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  5. 长读数提供有关基因组序列组成的有价值的信息。长读通常非常嘈杂,这使得它们对参考基因组的对齐令人生畏的任务。可能需要数天......

    作者:Mostafa Hadadian Nejad Yousefi, Maziar Goudarzi和Seyed Abolfazl Motahari

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.:51

    内容类型:软件

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  6. 随着测序技术变得更加便宜和易于使用,更多的群体能够获得具有公共卫生和科学重要性的病毒的全基因组序列。提交基因组数据给NCBI…

    作者:Ryan C. Shean, Negar makhous, Graham D. Stoddard, Michelle J. Lin和Alexander L. Greninger

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.:48

    内容类型:软件

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  7. 样本汇集是研究中广泛使用的一种降低成本和劳动力的方法。DNA样本池结合大规模并行测序是发现洛杉矶DNA变异(多态性)的有力工具。

    作者:Aleksandr Igorevich西哈哈科,Alexey Mikhailovich Afonin,Natalia Dmitrievna Gavriliuk,Olga Mikhailovna Moiseeva和Vladimir Aleksandrovich Zhukov

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.:45

    内容类型:软件

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  8. 预计大约1%的人蛋白质含有无序和低复杂性朊病毒域(PRLD)。已经显示出PROLDS中的突变促进在SEVE中促进过渡到普遍态的过渡......

    作者:瓦伦丁·伊格莱西亚斯,奥斯卡·康奇洛-索勒,克里斯蒂娜·巴特利和萨尔瓦多·文图拉

    引文:欧宝娱乐合法吗201920.: 24

    内容类型:软件

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  9. 直耦合分析(DCA)是单独从序列信息的蛋白质接触预测的方法。其潜在的原理是汉密尔顿互动功能的参数估计从......

    作者:迈克尔·施密特和凯·哈马赫

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 546

    内容类型:软件

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  10. CRISPR-Cas系统由于其简单、高效的特点,已被广泛应用于基因组编辑工具。最近,CRISPR碱基编辑器,包括失活的Cas9 (dCas9)或Cas9 nickase…

    作者:Gue-Ho Hwang,Jeongbin Park,Kayeong Lim,Sunghyun Kim,Jihyeon Yu,Jihyeon Yu,Eunchong Yu,Sang-Tae Kim,Roland Eils,Jin-Sookim和Sangsu Bae

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 542

    内容类型:软件

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  11. 利用无创产前检测(NIPT)中的细胞游离DNA来预测胎儿三体的各种算法已经被开发出来。作为预测的依据,需要一个非三体样本的对照组。预测……

    作者:Lennart F. Johansson, Hendrik A. de Weerd, Eddy N. de Boer, Freerk van Dijk, Gerard J. te Meerman, Rolf H. Sijmons, Birgit sikma - raddatz和Morris A. Swertz

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 531

    内容类型:软件

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  12. 抗微生物多肽作为抗感染的新药物引起了人们的极大兴趣。作为多种先天免疫系统的一部分,它们在细菌、病毒和真菌上的长期效力提供了一个解决方案……

    作者:凯尔·布恩,凯尔·卡马达,波莱特·斯宾塞和坎丹·塔默勒

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 469

    内容类型:研究文章

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  13. equolisin是一种罕见的酸性蛋白酶,存在于古细菌、细菌和真菌中。某些真菌分泌酸作为其生活方式的一部分,有趣的是,这些真菌也有许多equolisin的类似物,多达9个类似物。

    作者:Nicolás Stocchi, María Victoria Revuelta, Priscila Ailín Lanza Castronuovo, D. Mariano A. Vera和Arjen ten Have

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 338

    内容类型:研究文章

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  14. Spanins是破坏外膜所需的噬菌体溶解蛋白。噬菌体在革兰氏阴性宿主裂解的最后一步中使用双组分或单分子的spanins。双组分spanins……

    作者:Rohit Kongari,Manoj Rajaure,Jesse Cahill,Eric Rasche,Eleni Mijalis,Joel Berry和Ry Young

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 326

    内容类型:研究文章

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  15. 摘要控制错误发现率(FDR)的方法被广泛应用于解决高维统计量的多重比较问题。目前的fdr控制程序要求准确的…

    作者:马修·m·帕克斯,本杰明·j·拉斐尔和查尔斯·e·劳伦斯

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 323

    内容类型:方法文章

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  16. 假尿苷化是所有生物体中最普遍的一种转录后修饰,它显著影响许多由RNA调控的细胞过程。因此,交流……

    作者:荆井,婷芳,Zizheng Zhang,Bei Huang,xialei zhu和易雄

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 306

    内容类型:研究文章

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  17. 限制酶在生物技术中经常被使用。然而,手工挖掘限制性内切酶具有挑战性。此外,还将现有的限制性内切酶整合到不同的生物信息系统中。

    作者:Cheng yu - hui, liu jun - jian, guo - nan

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.:178

    内容类型:软件

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  18. 在基因表达综合研究(GEO)的所有系列中,微阵列实验占了一半以上。然而,从GEO下载和分析原始或半处理的微阵列数据并不直观,需要……

    作者:Maria Luisa Amaral,Galina A. Erikson和Maxim N. Shokhirev

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.:296

    内容类型:软件

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  19. 将遗传物质从微生物或病毒转移到宿主基因组中称为水平基因转移(HGT)。病毒在人类基因组中的整合与多种癌症相关,......

    作者:Saurabh Baheti、Tang Xiaojia、Daniel R. O 'Brien、Nicholas Chia、Lewis R. Roberts、Heidi Nelson、Judy C. Boughey、Wang Liewei、Matthew P. Goetz、Jean-Pierre A. Kocher、Krishna R. Kalari

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.:271

    内容类型:软件

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  20. 甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq或m6.A-seq)已被广泛用于分析RNA n6 -甲基化腺苷甲基化的转录组分布。然而,由于其内在的pr…

    作者:滕张,邵武张,林章和贾萌

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 260

    内容类型:软件

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  21. 反应相似性的计算是几种生物信息学应用的预先确定,包括针对特异性生化反应的酶鉴定,酶分类和专门的挖掘......

    作者:Tadi Venkata Sivakumar, Anirban Bhaduri, Rajasekhara Reddy Duvvuru Muni, Jin Hwan Park和Tae Yong Kim

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 254

    内容类型:软件

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  22. 下一代测序(NGS)数据的高通量生物信息学分析通常需要具有挑战性的管道优化。关键问题是选择合适的工具和选择最佳的参数。

    作者:Nikola Tom, Ondrej Tom, Jitka Malcikova, Sarka Pavlova, Blanka Kubesova, Tobias Rausch, Miroslav Kolarik, Vladimir Benes, Vojtech Bystry和Sarka Pospisilova

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.:243.

    内容类型:软件

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  23. 通过链读获取的远程测序信息,如10× Genomics (10xG)提供的信息,有助于解析基因组序列重复,并产生精确和连续的基因组草图组装。

    作者:Lauren Coombe,Jessica Zhang,Benjamin P.Vandervalk,Justin Chu,Shaun D. Jackman,Inanc Birol和RenéL.Warren

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.:234

    内容类型:软件

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  24. 在临床实践中,突变基因组学中的突变基因组学中已被证明是体细胞基因组学中的有价值的模式,其潜在应用是临床实践中的生物标志物。到目前为止,几个生物信息......

    作者:Marcosdíaz-gay,MariaVila-Casadesúss,SebastiàFranch-Expósito,EvaHernández-Illán,JuanJoséLozano和SergiCastellví-Bel

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 224

    内容类型:软件

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  25. 发现DNA序列中过度代表的近似基序是生物信息学的重要组成部分。由于潜在的应用越来越多,这一课题得到了广泛的研究。豪…

    作者:查迪·萨阿德,劳伦特Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre business, Hélène Touzet和Martin Figeac

    引文:欧宝娱乐合法吗201819.: 223

    内容类型:方法文章

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