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转录组分析

Adam Olshen编辑

本节包括转录组分析的所有方面,包括但不限于:分析微阵列和RNA-SEQ数据的方法和应用。

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  1. 尽管选择性聚腺苷酸化和3 ' UTR长度对于多种生物学现象具有重要意义,但从标准转录组数据中检测UTR变化的手段有限。

    作者:Stefan Gerber,Gerhard Schratt和Pierre-Luc ermain

    引文:欧宝娱乐合法吗202122: 189

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  2. 聚类是分析单细胞数据的关键步骤。以无监督方式鉴定的簇通常基于差异表达基因向细胞类型注释。相比之下,超级......

    作者:Bobby Ranjan, Florian Schmidt, Wenjie Sun, Jinyu Park, Mohammad Amin Honardoost, Joanna Tan, Nirmala Arul Rayan和Shyam Prabhakar

    引文:欧宝娱乐合法吗202122: 186

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  3. 由于它们的复杂结构,基因共表达网络(GCNS)不容易相当。在本文中,我们提出了一种工具,并置,以及可用于比较的相似措施......

    作者:凯蒂烤箱,Farhad Maleki,B. Frank Eames和Ian Mcquillan

    引文:欧宝娱乐合法吗202122:125

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  4. 环状RNA (circRNA)是一种具有闭环结构的新型RNA。越来越多的circrna在动植物中被发现,最近的研究表明circrna在动植物中起着重要的作用。

    作者:舒威尹,萧田,景景张,佩森孙和广林李

    引文:欧宝娱乐合法吗202122:10

    内容类型:软件

    发表于:

  5. 基因融合事件是成人和儿童癌症体细胞变异的重要来源,是一些最临床有效的治疗靶点,然而低共识的RNA-Seq融合预测…

    作者:Krutika S. Gaonkar, Federico Marini, Komal S. Rathi, Payal Jain, Yuankun Zhu, Nicholas A. Chimicles, Miguel A. Brown, Ammar S. Naqvi, Bo Zhang, Phillip B. Storm, John M. Maris, Pichai Raman, Adam C. Resnick, Konstantin Strauch, Jaclyn N. Taroni和Jo Lynne Rokita

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 577

    内容类型:软件

    发表于:

  6. RNA测序允许研究基因表达的变化和转录突变,为获得癌症生物学的洞察力提供高效的方法。当规划大型队列o的排序时...

    作者:Anna Quaglieri, Christoffer Flensburg, Terence P. Speed和Ian J. Majewski

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 553

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  7. 实时荧光定量PCR (Quantitative real-time PCR, qPCR)是目前应用最广泛的基因表达检测方法之一。qPCR数据的一个重要方面很大程度上被忽视了,那就是非检测的存在:反应fai…

    作者:Valeriia Sherina,Helene R. McMurray,Winslow力量,Harmut Land,Tanzy M.T. Love和Matthew N. McCall

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:545

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  8. 营养基因组学旨在了解营养和基因信息之间的相互作用。由于营养物质和基因之间的复杂相互作用,它们之间的关系呈现非线性。最…

    作者:徐湘南、Samantha M. Solon-Biet、Alistair Senior、David Raubenheimer、Stephen J. Simpson、Luigi Fontana、Samuel Mueller、Jean Y. H. Yang

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:530

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  9. 在单细胞RNA测序中的高通量微流体方案(ScRNA-SEQ)在单一实验中收集多达100万个单个细胞的mRNA计数;这使得能够高分辨率的稀有研究......

    作者:亚历山大·h·s·瓦戈和安娜·c·吉尔伯特

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 477

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  10. oposSOM是一个全面的、基于机器学习的开源数据分析软件,它结合了多样性分析、生物标记选择、功能挖掘和可视化等功能。

    作者:Henry Loeffler-Wirth, Jasmin Reikowski, Siras Hakobyan, Jonas Wagner和Hans Binder

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 465

    内容类型:软件

    发表于:

  11. 随着将RNA测序(RNA- seq)纳入生物医学研究的障碍不断减少,RNA- seq实验的复杂性和规模正在迅速增长。成对的,纵向的,和其他核心…

    作者:Brian E. Vestal,Camille M. Moore,Elizabeth Wynn,Laura Saba,Tasha Fingerlin和Katerina Kechris

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:375.

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  12. 当分析DNA甲基化(DNAm)微阵列数据时,系统的技术效应——也称为批处理效应——是一个相当大的挑战,因为当与变量混淆时,它们可能导致错误的结果。

    作者:Tristan Zindler, Helge Frieling, Alexandra Neyazi, Stefan Bleich和Eva Friedel

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 271

    内容类型:研究文章

    发表于:

  13. 表达数量性状位点(eQTL)研究用于解释疾病相关遗传风险因素的功能。到目前为止,大多数eQTL分析都是在大块组织中进行的,如整个b…

    作者:RaúlAguire-Gamboa,Niek de Klein,Jennifer Di Tommaso,Annique Claringbould,Monique GP van der Wijst,Dylan De Vries,Real Brugge,Roy Oelen,UrmoVõsa,Maria M. Zorro,小津楚,少年朱克,Zuzanna Bougek,IsisRicaño-PONCE,Patrick Deelen,Cheng-Jiang Xu ...

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:243.

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  14. 随着单细胞基因组学的迅速发展,对每个单细胞的转录组和基因组进行平行测序的技术正在多个实验室进行探索,并逐渐成为可能。这br…

    作者:胡悦,席曦,杨谦,张学功

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 184

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  15. 高通量测序实验,然后是差异表达分析是一种广泛使用的检测基因组生物标志物的方法。差异表达分析中的基本步骤是模式......

    作者:任旭,宽沛芬

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 171

    内容类型:软件

    发表于:

  16. 微阵列技术提供了许多基因的表达水平。如今,一个重要的问题是选择少数提供生物知识和m的信息差异表达基因......

    作者:José María Martínez-Otzeta, Itziar Irigoien, Basilio Sierra和Concepción Arenas

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:135

    内容类型:软件

    发表于:

  17. 癌症预后预测对患者和临床医生来说是有价值的,因为它允许他们适当地管理护理。提高表情bas的表现和解释是一个很有前途的方向。

    作者:郑兴宇,克里斯托弗·阿莫斯和罗伯特·弗罗斯特

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:76.

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

  18. 任何高通量排序技术的质量控制是一个关键步骤,如果被忽视会损害实验和所产生的结论。存在许多方法来识别偏差dur ...

    作者:Gaurav Kumar, Adam Ertel, George Feldman, Joan Kupper和Paolo Fortina

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 56

    内容类型:软件

    发表于:

  19. 在过去的二十年里,高通量转录组学已经成为一种非常成熟和广泛使用的研究工具。在一系列不同平台上生成的临床数据集继续b…

    作者:Arran K. Turnbull,Cigdem Selli,Carlos Martinez-Perez,Anu Fernando,Lorna Renshaw,Jane Keys,Jonine D. Figueroa,Xiaping He,Maki Tanioka,Alison F. Munro,Lee Murphy,Angie Fawkes,Richard Clark,Audrey Coutts,Charles M. Perou,Lisa A. Carey ...

    引文:欧宝娱乐合法吗202021: 30

    内容类型:研究文章

    发表于:

  20. 肿瘤细胞类型的异质性是影响肿瘤进展和化疗反应的关键因素。肿瘤细胞类型的异质性,定义为肿瘤中各种细胞类型的比例,可以推断肿瘤细胞类型的异质性。

    作者:Clémentine Decamps, Florian Privé, Raphael Bacher, Daniel Jost, Arthur Waguet, Eugene Andres Houseman, Eugene Lurie, Pavlo Lutsik, Aleksandar Milosavljevic, Michael Scherer, Michael G. B. Blum和Magali Richard

    引文:欧宝娱乐合法吗202021:16

    内容类型:方法论的文章

    发表于:

    本条协议发表于自然的协议202015: s41596 - 020 - 0369 - 6

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